Múzeum v misijnom dome v Nitre vznikalo približne od roku 1925 z predmetov, ktoré poslali či priniesli slovenskí, českí i rakúski misionári z celého sveta.

V roku 1950, keď bola činnosť Spoločnosti Božieho Slova prerušená, zlý osud postihol aj múzeum. Mnohé exponáty sa stratili alebo boli zničené. Časť z nich sa potom vrátila späť do misijného domu a 15. augusta 1996 bolo múzeum znova otvorené.

V posledných rokoch sa viackrát zbierky múzea rozšírili a doplnili o nové exponáty. Najväčšie rozšírenie nastalo v roku 2008, keď pribudlo asi 250 exponátov  vypchávok zvierat zo všetkých svetadielov.